“九一八事变”以后，孙科是国民党高层中最早力主对日抵抗的代表人物之一。孙科自认为是一个和平主义者，但当时中国的局面，是非抗战而不足以排除和平建国的障碍，非建国不足以充实抗战的力量。

在这非常时刻，孙科一方面积极参与抗战，另一方面亦为国家建设和发展谋划。

抗战时期，由于战争的破坏及战争带来的巨额财政开支，使得基础本就十分薄弱的中国经济极度困难，国民政府同时面临抗战救国与建设国家、恢复发展经济的紧迫任务。时任立法院院长兼全国经济委员会常委的孙科，对解决国内经济问题予以极大关注。

其时，农村社会矛盾十分突出，直接引发了社会政治危机和经济危机，一时“救济农村，复兴农村”的呼声日盛。为此，孙科积极筹划救济农村、发展农村经济的办法。

他从立国基础和国家复兴这一角度对农民与农村问题的重要性进行了充分的论述，强调“我国农民占全国人口百分之七十五以上，所以我国立国的基础，可以说在农民身上。然而，近几年来，我国农民受内力外力的压迫，已陷于破产之境，立国的基础既已动摇，所以整个的国家，竟入于震荡的状态中”。他认为要复兴整个国家，就不能不从改进农民生活开始。

这首先要使全国人民能够自治。然而，自治必须自立。但当时中国农民的现状是，苛捐杂税的勒索，兵匪灾患的扰乱，水旱灾荒的损失，土豪劣绅的剥夺，以上种种，致使农民终年劳而无获，挣扎在生死线上。这显然缺乏自治的能力。农民不能实现自给，所以不能自立，也就更谈不上自治了。所以，如要实现自给，条件一是须有土地，以资耕种；二是有良好的工具和技术，以资应用；三是须有相当的资金，以资周转。他认为，要解决农村危机，必须先谋解决农民的穷困。只有减轻农民身上的负担，并予以救济，使农民不受高利贷的盘剥，才能恢复最低限度的自治生活。

孙科提议，要解决全国农民的穷困问题，以政府的力量，统筹各种农民合作社，使农民得到普遍的救济。具体办法包括发行代价券进行短期救济，使农民有机会得到低息资金的补充、政府与农民的产销合作，以政府的信用，通过合作的方式，从而避免或减少农民在出售这一环节中的损失，减少农民的支出，培植农民的自养力。

1940年后，中国的抗战进入到异常艰难的时期，国民政府在财政上遭遇到空前的困难，出现了严重亏空。发行公债，收效甚微，而交通的阻断则使得争取外援的希望落空，当局只好靠增发纸币以填补巨额的财政赤字。

对此，孙科既不回避，也不讳言，主张推行孙中山的民生主义经济政策，而粮食国营就是其中重要的一个方面。它的作用在于粮食专卖，这可以平抑物价，迅速收回资金，防止流通过程中的通货日益膨胀。至于采取什么方式去购粮，孙科也进行了详细的研究以面对危局，希望能通过一些措施有补于世。

在事关民族危亡、国家成败的抗战期间，孙科的表现可圈可点。他不失时机地利用自己的身份和特殊地位，或提案，或讲演，或发表文章，积极为抗日力尽能事。这在一定程度上，对促成国民党抗战和全民御敌，起到了有效的作用。

1936年夏天，潘汉年由共产国际经香港转赴上海，后回延安向中共中央汇报情况。9月，他受中共中央和毛泽东的委托，携带着《中国共产党致中国国民党书》、毛泽东致宋庆龄等人的信返回上海，并利用宋庆龄的特殊身份，做国民党上层吴稚晖、孔祥熙、宋子文、孙科等人的工作，促使其联共抗日。

孙科既无兵权可恃，亦无政治资本可依，但他是孙中山哲嗣，曾任国民政府行政院院长以及现任立法院院长等要职，有一定的政治影响。

是年12月5日，毛泽东致信孙科，“今日天下之人莫不属望国民抗日，然国民党中如不战胜其降日派与妥协派则抗日不可能，因此天下之人莫不属望于国民党中之抗日派能有计划地有步骤地向着降日妥协之辈进行坚决之斗争。进行此种斗争，非有组织的政治力量不可，非有领袖不可，因此天下之人又莫不属望于哲生先生”。

也许是因为受到中共的影响，西安事变和平解决后，宋庆龄、孙科等人在国民党五届三中全会上要求联共抗日，表现不俗。1937年2月，在国民党召开的五届三中全会上，由宋庆龄和何香凝领衔，联络冯玉祥、孙科等14名中央执、监委，联名向大会提交了《恢复孙中山先生手订联俄、联共、扶助农工三大政策案》，力促国民党立即改变立场，和共产党携手合作，以团结抗日，挽救民族危亡。这个提案虽未通过，但是，停止内战、共同抗日已成不可逆转之势。最终，中共提出的抗日民族统一战线的政策，还是被大会原则上接受。会后，国内和平局面初现，第二次国共合作的大门终被打开。

对此，1939年10月，毛泽东在延安高级干部会议上作“反投降提纲”的报告，明确将孙科列为“九一八”后不甘屈服、反对投降的一类人，表明中共对孙科的赞誉。

次年9月10日，中共中央在《关于时局趋向的指示》中再次指出，“中国民族资产阶级以孙科、冯玉祥、李济深、于右任、陈嘉庚、陈光甫、黄炎培等代表，这个阶层至今基本上还没有政权，还是我党较好的同盟者”，是“要求亲苏和共与政治改良”的一派。

在亲苏友好合作方面，孙科也积极主张“以彻底抗日为目前外交上主要方针……积极进行中苏邦交之恢复”。

中苏邦交自1927年国民党“清党”以后就已断绝。20世纪30年代初，权衡国际局势，孙科认识到对苏外交的重要性，从联合苏联钳制日本的角度出发，希望蒋介石能早日促成中苏复交。1932年12月12日，国民政府与苏联恢复大使级外交关系。

复交后的中苏关系，主要是围绕中苏条约的签订而展开。缔结《中苏互不侵犯条约》最早由中方提出，但其后却蓄意拖延谈判，既想同苏联结盟以抗衡日本,又不想立即正式缔约。主要是因为日本与苏联两国关系交恶，缔约将刺激日本，反倒加深了中日矛盾。于是搞起平衡外交，以图夹缝求存。

孙科的看法则颇有见地。他在回顾“九一八”这段不幸历史时，深感“假使当时中苏关系不恶化，1927年没有反共绝共的事件，两国维持友好的革命外交关系，以苏联为与国，也许敌人对我不敢发动侵略。因为敌人知道已与其革命过程中的唯一与国断绝关系，乃胆敢施其侵略野心”。应该说，孙科的分析很有些道理，在中日关系问题上，苏联是一个很重要的砝码。

“七七事变”的爆发，打破了国民党的这种平衡策略，也给蒋介石敲响了警钟。英美推行绥靖政策，在中日关系问题上态度暧昧。无奈之下，国民政府当局只有转向与苏联交好。孙科抓住这个机会，力劝蒋介石尽快与苏联缔约，而他本人也多次代表国民政府与苏联驻华大使商谈相关事宜，表明中国政府的态度。

蒋介石最终放弃对日幻想，与苏联签订了《中苏互不侵犯条约》。从中苏复交到签约，孙科做了大量工作，为中苏关系的彻底改善付出了艰辛的努力。

尽管中苏复交，但由于苏联最高统帅斯大林近乎武断的行事风格，使各国大使和特使既不易见到他，也很难与之交谈。但斯大林对孙中山先生却极有好感，故国民政府和苏联政府在1936年成立“中苏文化协会”时，共同推举孙科为会长，从事中苏间外交事务。孙科先后三次被任命为特使出访莫斯科，在争取苏联对华军援的谈判中，发挥了重要作用。

缔约后，为了争取更多的苏联援助，蒋介石决定派孙科率团访苏。这是蒋介石展开高层外交活动的一个组成部分，旨在通过中苏间的高级会晤，增进和加强两国关系，得到援助，甚至还希望孙科能够说服苏联参加对日作战。

1937年12月27日，孙科第一次访苏，他于次年1月17日抵达莫斯科。21日，在与苏联副外交人民委员斯托莫尼亚科夫的会谈中，孙科表示，中苏两国应保持非常密切的关系，这不仅可以保证远东和平，也可以使日本不敢进攻中国。还说，中国人民在抗击侵略者时，从苏联的同情和支持方面获得了力量，如果这一援助将持续的话，中国很快就会取得抗战的胜利。为了巩固中苏关系，苏联方面主张先签订一个互不侵犯条约。孙科及时将苏联的意思转呈国民政府，在得到指示后不久即行签订条约。

2月初，苏联党政军首脑斯大林、莫洛托夫、伏罗希洛夫等人会见了孙科。斯大林表示,“如果中国竭尽全力抗战，就不会因临时的受挫和国土被敌占领而沮丧，这样最后的胜利必定是中国的”。

孙科于2月下旬离开莫斯科赴巴黎，在法国展开抗战外交活动。不意，因为苏联给中国的第一笔贷款已用完，接政府之命，孙科于5月16日再次返回莫斯科，与苏方商谈第二笔贷款事宜。斯大林表示，中国借款已超过中国法币1亿元，可将第一笔贷款改作5000万美元，相当于2亿元法币，同时再给予第二笔借款5000万美元。他的慷慨解囊，及时帮助中国解决了用贷款购买军火的问题。

1939年4月10日，孙科第三次访苏，主要目的还是商谈苏联援华贷款。他于4月7日抵达莫斯科。当时欧洲局势日趋紧张，苏联政府的主要精力全都聚焦于此，对远东和中国事务的关注开始减弱，因而出访不甚顺利，一直未能与苏联最高领导人会晤。孙科有些焦急，他电告蒋介石，蒋回电劝他“忍耐进行，继续交涉，以期有成”。

孙科与斯大林的会晤，终于在他抵达莫斯科数周后得以实现。尽管苏联此时外交政策的中心移向欧洲，但是，援华政策并未改变。斯大林与孙科只会晤了一个小时，在询问了中国抗战情形后，便欣然同意向中国提供第三笔1.5亿美元的贷款，并当即嘱咐苏联对外贸易委员米高扬与孙科签订合同。

会晤中，孙科还提出了签订中苏商约。在中苏复交后，苏方就首先提出，鉴于蒋介石在发展中苏关系上过于“谨慎”，而亲日派汪精卫等人又从中作梗，所以迟迟未能缔结。全面抗战爆发后，苏联大力援华，中国需偿还贷款，双方经贸往来频繁，迫切需要有一个商业性条约为其提供保障。斯大林立即指示米高扬同孙科洽谈此事，希望中苏商约能早日成功。

6月17日，孙科代表中国政府与苏联正式签字。孙科第三次访苏，虽费时多日，但还是缔约成功，这对中国的抗战，有很大帮助。

抗战爆发后，鉴于中国军队的实力恐难对付日军，蒋介石曾迫切希望苏联能直接出兵参加对日作战，并把苏军参战与否看作是中国抗战成败的一个关键因素。对此，孙科一方面积极努力，另一方面又理智而客观地分析了国际形势，认为取胜的关键，还得依靠自己。

对于苏军是否参战这一问题，早在1936年底，时任中国驻苏大使的蒋廷黻在了解到苏方意图之后，就曾预见苏军不会轻易对日兵戈相向。其后，继任大使杨杰曾多次向苏联领导人提出要苏联参战的请求，均遭拒绝。当时，身处欧战漩涡中的苏联压力非常大，已是自顾不暇，若是再与日本发生冲突，势必会分散它的兵力。况且，远东危机尚未直接威胁到苏联利益，故不愿两栖作战。